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1880年6月1日に開園、民間の手によって建てられた幼稚園としては日本最古である。

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園舎が手狭になったために1883年には今橋3丁目(現在の中央区今橋2丁目)に移転したのち、1901年に現在地に移転した。3月に竣工した木造平屋建建築の園舎は、100年以上使用されている現役の園舎で現存する幼稚園園舎としては日本最古である。

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愛珠幼稚園の正門の前には 「 銅座の跡 」の碑が建っている。
1701年(元禄14年)幕府は大阪に銅座を開設し長崎会所を経てオランダ、中国に輸出された。