文久三年は五條代官所を舞台に、明治維新の魁となる天誅組の変が起こり、代官による支配の終焉を迎えます。その後、奈良県が設置され、さらに五新鉄道の建設が戦争によって工事途中で断念されるなど、あわただしい時代の波にのまれた歴史がありました。

天誅組は代官所を焼き払った八月十七日から「八月十八日の政変」を受け急いで天辻へ本陣を移す二十日までの間、櫻井寺に「御政府」の看板を掲げ本陣とした。

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櫻井寺には、さらし首となった代官鈴木源内の首を洗ったとされる首洗鉢が残っている。

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