慶長十六年(1611)北国街道に宿駅伝馬制が敷かれて小諸宿が設けられました。その後、小諸宿は関東への出入口として、また参勤交代や善光寺詣でなどの街道交通の要所として隆盛を極めました。

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参勤交代の大名などが宿泊した「小諸宿本陣主屋」は木造切妻造桟瓦葺平屋建の豪壮な建物で、十八世紀末〜十九世紀初頭の建築と推定され、当時は、市町に現存する国指定重要文化財「旧小諸本陣(問屋場)」の隣に建てられていました。

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その後、明治11年に佐久市鳴瀬の桃源院に移築され、寺の本堂や庫裡として使われてきましたが、建物一式が小諸市に寄贈され、旧地にほど近い現在地に移築再現されました。