小諸城は慶長元和年間にわたって時の城主千石氏が築城しました。この三の門も大手門と同様に一連の造営の中で創建されたものです。
しかし、寛保二年(1742)小諸御城下を襲った大洪水により三の門は流出し約20年後の明和年代に再建されて現在に至っています。

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寄棟造・桟瓦葺の櫓門で、1階は桁行三間で北脇に潜戸を構え、隅金具・八双金具などが施してあります。2階は西側に袖塀を設け、矢狭間、鉄砲狭間が城郭の面影を残しています。
桁行五間、梁間二間で内部は住宅風の一室になっています。