文禄4年、浅野家重臣佐竹伊賀守の尽力によって薗村と島村の荒れ地四町四方を得て堂宇を建立したのが始まり、文政8年(1825)に建立された本堂を中心に書院・庫裏・鐘楼・鼓楼・門が立ち並び、真宗寺院としては紀南最大の規模を持つ。

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日高別院の境内にあるイチョウの木は、幹廻りが約4.6メートル、樹高約十八メートルの巨樹で、文禄4年(1595)、薗坊舎をこの地に移したときに植えられたものと伝えられており樹齢400年以上と考えられ和歌山県指定文化財である。

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