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御殿は、儀式・公式対面などの公式式典の場、藩主の公邸、藩内の政務をつかさどる役所という機能を持っている。

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掛川城御殿は、二ノ丸に建てられた江戸時代後期の建物で現存する城郭御殿としては京都二条城など全国でも数少ない貴重な建物といわれる。

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書院造りと呼ばれる建築様式で畳を敷き詰めた多くの部屋が連なり各部屋は襖によって仕切られている。
当初は本丸にも御殿が造られたが災害等によって二ノ丸に移ったとある。

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嘉永7年(安政元年1854)、安政の東海大地震で倒壊したため、時の城主太田資功によって安政2年(1855)から文久元年(1861)にかけて再建されたのが現在の御殿で、徳川亀ノ助(家達)が江戸から駿府に移ってくると掛川にも旧幕臣が移り住み御殿は勤番所と学問所に使用された。

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